完成してしばらくの間はきれいな水質だったのですが、自然風に仕上げようとしてビオトープの中に入れた土が水を富栄養化しアオコとアオミドロが大発生しました。ポンプの吸水口やオーバーフローの排水口を詰まらせてしまい、悪臭を放つのでなんとか除去しようと試みましたが、いくら除去しても次から次へと増えてしまい手に負えない状態になってしまいました。いろいろな濾過材や薬品も使用してみましたがどれもいまひとつ効果が感じられず、水の循環流量を多くしても効果はありませんでした。結局ビオトープ第一号は、最後まで水が澄んだ状態に戻ることはありませんでした。
その後試行錯誤した結果、ある種のバクテリアが強力な水質浄化作用を持っていることがわかり、循環システムと組み合わせて使用してみると、みるみるうちに水が透明に浄化されるようになりました。これ以来、アクアフォレストのビオトープでアオコが発生することはなくなりました。

ビオトープの底が見えなくなるほどアオミドロが大発生した